Gegen Ende des Sommers 1220 bat Fernando um die Erlaubnis und erhielt sie, den Augustiner-Orden verlassen zu dürfen, um dem franziskanischen Ideal folgen zu können. Es ist nicht sicher, ob er die ersten Franziskaner, die in sein Land gekommen waren, persönlich kennengelernt hatte. Sicher, er hatte von ihnen gehört und war fasziniert.

Ganz intensiv geschah dies damals, als die sterblichen Überreste der Märtyrer, die Christen eingesammelt und in silberne Särge gelegt hatten, und die ein Kind namens Pedro mit seinem Gefolge zuerst nach Ceuta, dann nach Algesiras und dann über Sevilla nach Coimbra brachte, wo sie in der Augustiner-Kirche Santa Cruz beigesetzt wurden (in der sie noch immer aufgebahrt und verehrt werden). Man erzählt auch von Wundern, die die Verehrung glaubwürdig machen, und das Zeugnis der Märtyrer wurde aufgezeichnet; dies alles erteilte der franziskanischen Bewegung die Aufmerksamkeit der portugiesischen Bevölkerung.
Der Wunsch Fernandos, Anhänger des Franz von Assisi zu werden, wächst zusammen mit der Berufung zum Missionaren und zum Märtyrer.

Antonius will Missionar werden.

Im September 1220 legt Fernando das weiße Kleid der Augustiner ab, um sich mit der rauhen Tunika und einem Seil um die Hüfte zu bekleiden.
Bei dieser Gelegenheit legt er auch seinen Taufnamen nieder, um den Namen Antonius anzunehmen, zur Ehre des ägyptischen Einsiedlers, dem das Kloster Santo Antao dos Olivãis geweiht war, in dem die Franziskaner lebten. Nach einer kurzen Zeit des Studiums der franziskanischen Regel bricht Antonius nach Marokko auf.

Wahrscheinlich wurde Antonius, den franziskanischen Sitten entsprechend, von einem Mitbruder begleitet, der uns allerdings unbekannt blieb.
In Miramolino, in Marakkesh oder in einer anderen Stadt angekommen, wurde er sicher von Christen aufgenommen, die dort aus Handels- oder anderen Gründen ansässig waren. Um sich an die Muslime wenden zu können, musste Antonius die arabische Sprache fließend sprechen, was für ihn als zweisprachiger Lissabonner sicher nicht schwierig war.
Wenn nicht, konnte er sich bestimmt auf seinen Begleiter verlassen: wenn nicht beide, so musste zumindest einer jenes Idiom beherrschen.
Antonius konnte sein Vorhaben, den Muslimen zu predigen aber nicht ausführen, da ihm eine nicht näher bestimmbare Tropenkrankheit schwer zu schaffen machte. Um die Gesundheit zumindest teilweise wieder zurückzugewinnen, beschloss er, in die Heimat zurückzukehren, ohne aber sein Ideal des Martyriums zu vergessen.
Er war also gezwungen, Marokko zu verlassen und über das Meer den Rückweg anzutreten.
Aber aufgrund der unvorhersehbaren heftigen Gegenwinde wurde das Schiff bis nach Sizilien abgetrieben. Der Überlieferung zufolge ist Antonius in Milazzo (Messina) an Land gegangen; er war ein fremder, unbekannter junger und (auch von politischen Aufträgen) freier, aber gesundheitlich angeschlagener Bruder. Seine Genesungszeit in Sizilien zog sich auf etwa zwei Monate hinaus.
Dann verließ Antonius auf Geheiß der Mitbrüder Sizilien, durchwanderte Süd- und Mittelitalien, um vom 30. Mai bis zum 8. Juni 1221 am Generalkapitel in Assisi teilzunehmen.
Antonius von Lissabon war allen ein unbekannter Mitbruder, da er erst seit wenigen Monaten dem Orden angehörte; er verbrachte die neun Tage des Kapitels betrachtend und meditierend.
Er war einer der vielen, nichts unterschied ihn von den anderen.
Am Tag des Abschieds nahm ihn keiner der „Minister" mit sich in seine Provinz.
Als beinahe alle abgezogen waren, wurde Bruder Graziano, Provinzminister in der Romagna, auf ihn aufmerksam. Als er erfuhr, dass der junge Bruder auch Priester war, bat er ihn, ihm zu folgen.

Antonius in der Einsiedelei von Montepaolo.

Gemeinsam mit Bruder Graziano und anderen Mitbrüdern erreicht Antonius im Juni 1221 Montepaolo.

Die Tage verbrachte er nun beim Gebet, bei der Meditation und im Dienst an den Mitbrüdern.
Während dieser Zeit konnte der Heilige in seiner franziskanischen Berufung reifen, die abrupt unterbrochene Erfahrung des Missionaren überdenken, in der Askese verweilen und sich in der Anbetung üben.
Die Quellen berichten, dass sich Antonius bis Pfingsten oder höchstens bis im September desselben Jahres in Montepaolo aufhielt.
Seine Mitbrüder ehrten Antonius vor allem auf Grund ihres heiligen Bildes eines Priesters.

Einer der Mitbrüder hatte eine Grotte in eine Zelle umfunktioniert, und Antonius bat ihn lange, dass er sie ihm abtrete. Der gute Bruder kam dem großen Wunsch des jungen Portugiesen nach.
So eilte Antonius jeden Morgen nach den gemeinsamen Gebeten zu seiner Grotte (die heute noch gut erhalten ist), um mit Gott alleine zu sein, intensiv zu beten, Buße zu tun, die Bibel zu lesen und lange Meditationen zu halten. Zum Essen und zum gemeinsamen Gebet fand er sich mit den Mitbrüdern ein.
In seiner großen Hingabe zur Buße nahm er trotz seiner gebrechlichen Gesundheit Fastenzeiten, Wachen im Gebet und Geißelungen auf sich, so dass er öfters hingefallen wäre, hätten ihn die Mitbrüder beim Erklingen der Glocken, die zu den Versammlungen riefen, nicht festgehalten.
Antonius merkte, dass seine Mitbrüder ihr Leben auf das Gebet und den Dienst füreinander aufbauten. Was hätte er da noch dazutun können? Darüber sprach er mit dem „Guardian". Sie einigten sich darauf, dass er sich um das Geschirr und die Böden kümmern musste.