Bei dieser Überführung wurden die sterblichen Überreste des heiligen Antonius wahrscheinlich in die Mitte der Kirche unterhalb der Kuppel vor dem Presbyterium beigesetzt. Eine weitere Umbettung erfolgte mit Sicherheit am 14 Juni 1310, als die neue Kapelle - dem heiligen Antonius geweiht - fertiggestellt war. So gelangten Antonius' Gebeine an ihre definitive Stelle.

Am 14 Februar 1350 kam der Kardinal Guido de Boulogne nach Padua, um vor dem Heiligen ein Gelübde einzulösen (er war von der schwarzen Pest geheilt worden) und um ein wertvolles Reliquiar zu bringen, in dem das Kiefer des Heiligen einen ehrwürdigen Platz fand. Bis 1981 legte nun keiner mehr Hand an das Grab des heiligen Antonius.