Der Leichnam des Heiligen wurde nach seinem Tod von Arcella in das Kirchlein Santa Maria zu Padua überführt. Die ganze Stadt begleitete den Trauerzug am 17. Juni 1231. Schon am Abend der Beisetzung ereigneten sich Wunder am Grab des hl. Antonius. Die Nachricht verbreitete sich mit unglaublicher Schnelligkeit, und immer mehr Pilger strömten herbei, während die Zahl der Wunder wuchs. Schließlich nahmen sich auch die kirchlichen Autoritäten der Sache an: Jacopo di Corrado, der Bischof von Padua, und Papst Gregor IX., die beide den Heiligen persönlich gekannt hatten. Noch war kein Jahr seit dessen Tod vergangen, als Papst Gregor am 30. Mai 1232 im Dom von Spoleto die Heiligsprechung vollzog. Die Minderbrüder, unterstützt von der Bevölkerung der Stadt Padua, begannen darauf sogleich mit dem Bau einer Basilika, als einer würdigen Gedächtnisstätte für den Heiligen.

Am 8. April 1263 wurden die sterblichen Überreste des hl. Antonius in die neue Kirche übertragen.
Der Feier stand der hl. Bonaventura von Bagnoregio vor, der Generalminister des Ordens war.

Bei der Öffnung des Sarkophages fand man die Zunge des Heiligen unverwest vor.



Der heilige Bonaventura sprach dann - das Herz voller Bewunderung - das folgende Gebet:
„Gesegnete Zunge, die du immerfort den Herrn gepriesen und viele Menschen angeleitet hast, ihn zu preisen. Jetzt erst wird offenbar, wie viel Gnade du gefunden hast bei Gott."