Der Theologe Antonius, der dem Denken des heiligen Augustinus viel verdankte, dabei jedoch auf sehr persönliche und originelle Weise, war in der Lage, das Licht des Verstandes und das Gefühl des Herzens, die Suche der Spekulation mit der Ausübung der Tugend zu verbinden, das Studium mit dem Gebet, wie sein geistiger Vater es anstrebte.

Diese Methode, die in den Schulen des Heiligen so weise eingeführt wurde, sollte später vom heiligen Bonaventura als Besonderheit des Franziskanischen Ordens anerkannt werden.

Nachdem er die Wahrheit mittels des Glaubens erreicht hat, setzt Antonius, auf den Spurem von Augustinus und Anselm, ununterbrochen den Verstand ein, um zu "verstehen", um die von dem Geschenk des Glaubens erfasste und geliebte Wahrheit zu sammeln (fides quaerens intellectum). Glauben ist für den Heiligen kein mystisches Abtauchen, sondern die Annahme eines beständigen dialektischen Gesprächs zwischen Glaube und Verstand, zwischen Mensch und Gott.

Der Theologe Antonius bleibt der Antonius einer tiefen rationalen Notwendigkeit, doch er ist auch der beste Antonius. Auf der einen Seite öffnet sich die Notwendigkeit einer logischen Rationalität der reinen unentgeltlichen Gnade, die den Menschen rettet. Auf der anderen Seite drückt sich die Rationalität des Antonius' in Begeisterung, Bewunderung und Emotion aus, entsprechend der ursprünglichsten Tradition der klösterlichen Theologie und nach der Lehre des heiligen Bernhard.
Die mystische Spekulation Antonius' ist, wie der Heilige selbst definiert, eine behutsame Unterhaltung oder Spekulation über die himmlischen Wahrheiten, die in den Wunsch und die Sehnsucht nach Gott übersetzt wird. Ein Akt, der dem rechten Menschen erlaubt, sich zum Horizont der göttlichen Realität zu erheben. Ein Gott, der nicht jener der Philosophen ist, sondern der Gott der wirklichen Geschichte des Menschen, die aus Sünde und Gnade, aus Hass und Liebe geprägt ist. Doch in ihr sind die Gnade, die Rettung und die Liebe Gegebenheiten, die wirklich zählen und Gewicht haben.

Antonius liebte es über Gott zu meditieren, nicht aus reiner intellektueller Übung. Dies bezeugt der Ausruf "Video Dominum meum", den er zum Leitspruch seines gesamten Lebens machte. Gott ist das Ideal, auf das er sein ganzes Leben ausgerichtet hatte.